Branch data Line data Source code
1 : : /*
2 : : * International Chemical Identifier (InChI)
3 : : * Version 1
4 : : * Software version 1.07
5 : : * April 30, 2024
6 : : *
7 : : * MIT License
8 : : *
9 : : * Copyright (c) 2024 IUPAC and InChI Trust
10 : : *
11 : : * Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
12 : : * of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
13 : : * in the Software without restriction, including without limitation the rights
14 : : * to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
15 : : * copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
16 : : * furnished to do so, subject to the following conditions:
17 : : *
18 : : * The above copyright notice and this permission notice shall be included in all
19 : : * copies or substantial portions of the Software.
20 : : *
21 : : * THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
22 : : * IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
23 : : * FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE
24 : : * AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
25 : : * LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM,
26 : : * OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE
27 : : * SOFTWARE.
28 : : *
29 : : * The InChI library and programs are free software developed under the
30 : : * auspices of the International Union of Pure and Applied Chemistry (IUPAC).
31 : : * Originally developed at NIST.
32 : : * Modifications and additions by IUPAC and the InChI Trust.
33 : : * Some portions of code were developed/changed by external contributors
34 : : * (either contractor or volunteer) which are listed in the file
35 : : * 'External-contributors' included in this distribution.
36 : : *
37 : : * info@inchi-trust.org
38 : : *
39 : : */
40 : :
41 : : #include <stdlib.h>
42 : : #include <ctype.h>
43 : : #include <string.h>
44 : : #include <math.h>
45 : : #include <float.h>
46 : : #include <limits.h>
47 : :
48 : : #include "mode.h"
49 : : #include "mol_fmt.h"
50 : :
51 : : #include "ichierr.h"
52 : : #include "util.h"
53 : : #include "ichi_io.h"
54 : : #include "ichimain.h"
55 : :
56 : : #include "bcf_s.h"
57 : :
58 : : /*
59 : : SDFile related procedures
60 : :
61 : : */
62 : :
63 : : #define ALIASED_AT(i) (0 < NUM_ISO_H(at, i))
64 : : #define IS_DEUTERIUM(i) (!strcmp(at[i].elname, "D") || at[i].iso_atw_diff == 2 && !strcmp(at[i].elname, "H"))
65 : : #define IS_TRITIUM(i) (!strcmp(at[i].elname, "T") || at[i].iso_atw_diff == 3 && !strcmp(at[i].elname, "H"))
66 : :
67 : : #define ABNORMAL_ISO(i) (at[i].iso_atw_diff == 1 || at[i].iso_atw_diff < -3 || at[i].iso_atw_diff > 5)
68 : : #define ABNORMAL_CHG(i) (abs(at[i].charge) > 3)
69 : : #define ABNORMAL_RAD(i) (RADICAL_SINGLET <= at[i].radical && at[i].radical <= RADICAL_TRIPLET)
70 : :
71 : : #define ANY_ISO(i, X) ((X)? (at[i].iso_atw_diff && !IS_DEUTERIUM(i) && !IS_TRITIUM(i)) :\
72 : : (at[i].iso_atw_diff || IS_DEUTERIUM(i) || IS_TRITIUM(i)))
73 : : #define ANY_CHG(i) (0 != at[i].charge)
74 : : #define ANY_RAD(i) (RADICAL_SINGLET <= at[i].radical && at[i].radical <= RADICAL_TRIPLET)
75 : :
76 : : #define NORMAL_ISO(i, X) (ANY_ISO(i, X) && !ABNORMAL_ISO(i))
77 : :
78 : : /* needs additional M CHG. M RAD, M ISO line */
79 : : /* due to ISIS/Draw feature always include M RAD for any radical */
80 : : #define ABNORMAL_AT(i) (at[i].radical || abs(at[i].charge) > 3 || \
81 : : ABNORMAL_ISO(i))
82 : :
83 : : /* always add M ISO, M RAD, M CHG; Except: (bAtomsDT && D or T) */
84 : : #define ADD_LINE_AT(i) (at[i].charge || \
85 : : at[i].radical || \
86 : : at[i].iso_atw_diff && (bAtomsDT ? (at[i].iso_atw_diff != 1 || strcmp(at[i].elname, "H")) : 1))
87 : :
88 : : /* Local */
89 : :
90 : : static const char sdf_data_hdr_name[] = "NAME";
91 : : static const char sdf_data_hdr_comm[] = "COMMENT";
92 : :
93 : : enum
94 : : {
95 : : SDF_START,
96 : : SDF_DATA_HEADER,
97 : : SDF_DATA_HEADER_NAME,
98 : : SDF_DATA_HEADER_COMMENT,
99 : : SDF_DATA_HEADER_CAS,
100 : : SDF_DATA_HEADER_USER,
101 : : SDF_DATA_LINE,
102 : : SD_FMT_END_OF_DATA_ITEM,
103 : : SDF_EMPTY_LINE,
104 : : SD_FMT_END_OF_DATA_BLOCK
105 : : };
106 : :
107 : : int OrigAtData_WriteToSDfileHeaderAndCountThings(const ORIG_ATOM_DATA *inp_at_data,
108 : : INCHI_IOSTREAM *fcb,
109 : : const char *name,
110 : : const char *comment,
111 : : int bChiralFlag,
112 : : int bAtomsDT,
113 : : const char *szLabel,
114 : : const char *szValue,
115 : : int *nNumAliasLines,
116 : : int *nNumChargeLines,
117 : : int *nNumRadicalLines,
118 : : int *nNumIsoLines,
119 : : int *nNumAddLines,
120 : : int *num_bonds);
121 : : int OrigAtData_WriteToSDfileAtomsBlock(const ORIG_ATOM_DATA *inp_at_data,
122 : : INCHI_IOSTREAM *fcb,
123 : : const char *name,
124 : : const char *comment,
125 : : int bAtomsDT,
126 : : const char *szLabel,
127 : : const char *szValue);
128 : :
129 : : int OrigAtData_WriteToSDfileBondsBlock(const ORIG_ATOM_DATA *inp_at_data,
130 : : INCHI_IOSTREAM *fcb,
131 : : const char *name,
132 : : const char *comment,
133 : : const char *szLabel,
134 : : const char *szValue,
135 : : INT_ARRAY *written_bond_ends);
136 : :
137 : : int OrigAtData_WriteToSDfileAdditionalLines(const ORIG_ATOM_DATA *inp_at_data,
138 : : INCHI_IOSTREAM *fcb,
139 : : const char *name,
140 : : const char *comment,
141 : : int bAtomsDT,
142 : : const char *szLabel,
143 : : const char *szValue,
144 : : int nNumAliasLines,
145 : : int nNumChargeLines,
146 : : int nNumRadicalLines,
147 : : int nNumIsoLines,
148 : : INT_ARRAY *written_bond_ends);
149 : :
150 : : int OrigAtData_WriteToSDfilePolymerData(const ORIG_ATOM_DATA *inp_at_data,
151 : : INCHI_IOSTREAM *fcb,
152 : : const char *name,
153 : : const char *comment,
154 : : const char *szLabel,
155 : : const char *szValue,
156 : : INT_ARRAY *written_bond_ends);
157 : :
158 : : /****************************************************************************
159 : : Skip extra data ( != Molfile) which SDF contains
160 : : ****************************************************************************/
161 : 54 : int SDFileSkipExtraData(INCHI_IOSTREAM *inp_file,
162 : : unsigned long *CAS_num,
163 : : char *comment,
164 : : int lcomment,
165 : : char *name,
166 : : int lname,
167 : : int prev_err,
168 : : const char *pSdfLabel,
169 : : char *pSdfValue,
170 : : char *pStrErr,
171 : : int bNoWarnings)
172 : : {
173 : 54 : char *p = NULL;
174 : : char line[MOL_FMT_INPLINELEN];
175 : 54 : const int line_len = sizeof( line );
176 : 54 : int n_blank_lines = 0, n_lines = 0;
177 : 54 : int current_state = SDF_START;
178 : 54 : int err = 0;
179 : 54 : int wait_for_CAS = 0;
180 : 54 : int CAS_num_is_user = 0;
181 [ - + - - : 54 : int wait_for_name = name && lname > 0 && !name[0];
- - ]
182 [ - + - - : 54 : int wait_for_comment = comment && lcomment > 0 && !comment[0];
- - ]
183 [ - + - - : 54 : int wait_for_user = pSdfLabel && pSdfLabel[0] && pSdfValue;
- - ]
184 : :
185 [ + - ]: 54 : if (CAS_num != NULL)
186 : : {
187 : 54 : wait_for_CAS = 1;
188 : 54 : *CAS_num = 0LU;
189 [ - + - - ]: 54 : CAS_num_is_user = (wait_for_user && !inchi_memicmp(pSdfLabel, "CAS", 3));
190 : : }
191 : :
192 [ + - ]: 108 : while (!err &&
193 [ + - - + ]: 108 : current_state != SD_FMT_END_OF_DATA_BLOCK &&
194 : 54 : NULL != (p = inchi_fgetsLf(line, line_len, inp_file)))
195 : : {
196 [ # # # # ]: 0 : if (!n_lines && !memcmp(line, "M END", 6))
197 : : {
198 : : /* allow subtle errors */
199 : 0 : continue;
200 : : }
201 : :
202 : 0 : n_lines++;
203 : 0 : remove_trailing_spaces(line);
204 : :
205 [ # # ]: 0 : if (line[MOL_FMT_MAXLINELEN])
206 : : {
207 [ # # # # ]: 0 : if (current_state != SDF_DATA_HEADER &&
208 [ # # ]: 0 : current_state != SDF_DATA_LINE &&
209 [ # # ]: 0 : current_state != SDF_DATA_HEADER_NAME &&
210 [ # # ]: 0 : current_state != SDF_DATA_HEADER_USER &&
211 : : current_state != SDF_DATA_HEADER_COMMENT)
212 : : {
213 : 0 : line[MOL_FMT_MAXLINELEN] = '\0';
214 [ # # ]: 0 : if (!prev_err)
215 : : {
216 : 0 : TREAT_ERR(err, 0, "Too long SData line truncated");
217 : : }
218 : : }
219 : : else
220 : : {
221 : : /* allow long lines in SDF data. 9-29-00 DCh */
222 : 0 : line[MOL_FMT_MAXLINELEN] = '\0';
223 : : }
224 : : }
225 : :
226 : 0 : n_blank_lines += (*line == '\0');
227 : :
228 [ # # # # : 0 : switch (current_state)
# # # ]
229 : : {
230 : 0 : case SDF_START:
231 : : case SD_FMT_END_OF_DATA_ITEM:
232 : : case SDF_EMPTY_LINE: /* Added 9-25-97 DCh */
233 : :
234 [ # # ]: 0 : if (!strcmp(line, SD_FMT_END_OF_DATA))
235 : : {
236 : 0 : current_state = SD_FMT_END_OF_DATA_BLOCK;
237 : : }
238 [ # # ]: 0 : else if ('>' == *line)
239 : : {
240 [ # # # # : 0 : current_state = (wait_for_name || wait_for_comment || wait_for_CAS || wait_for_user) ? SDFileIdentifyLabel( line, pSdfLabel ) : SDF_DATA_HEADER;
# # # # ]
241 : : }
242 [ # # ]: 0 : else if (*line == '\0')
243 : : {
244 : : /* Added 9-25-97 DCh */
245 : : /* Relax the strictness: Allow more than 1 empty line. */
246 : 0 : current_state = SDF_EMPTY_LINE;
247 : : }
248 [ # # ]: 0 : else if (!prev_err)
249 : : {
250 [ # # ]: 0 : TREAT_ERR(err, 3, "Unexpected SData header line:"); /* djb-rwth: addressing coverity ID #499557 -- TREAT_ERR properly used */
251 : 0 : dotify_non_printable_chars(line);
252 : 0 : AddErrorMessage(pStrErr, line);
253 : : /* unexpected contents of data header line */
254 : : }
255 : : else
256 : : {
257 : 0 : err = 3;
258 : : }
259 : 0 : break;
260 : :
261 : 0 : case SDF_DATA_HEADER_NAME:
262 : :
263 [ # # # # ]: 0 : if (wait_for_name && 0 < normalize_string(line))
264 : : {
265 : 0 : wait_for_name = 0;
266 : 0 : mystrncpy(name, line, lname);
267 : : }
268 : 0 : goto got_data_line;
269 : :
270 : 0 : case SDF_DATA_HEADER_COMMENT:
271 : :
272 [ # # # # ]: 0 : if (wait_for_comment && 0 < normalize_string(line))
273 : : {
274 : 0 : wait_for_comment = 0;
275 : 0 : mystrncpy(comment, line, lcomment);
276 : : }
277 : 0 : goto got_data_line;
278 : :
279 : 0 : case SDF_DATA_HEADER_USER:
280 : :
281 [ # # # # ]: 0 : if (wait_for_user && 0 < normalize_string(line))
282 : : {
283 : 0 : wait_for_user = 0;
284 : 0 : mystrncpy(pSdfValue, line, MAX_SDF_VALUE + 1);
285 : :
286 [ # # # # ]: 0 : if (CAS_num_is_user && wait_for_CAS)
287 : : {
288 : 0 : *CAS_num = SDFileExtractCASNo(line);
289 : 0 : wait_for_CAS = (0LU == *CAS_num);
290 : : }
291 : : }
292 : 0 : goto got_data_line;
293 : :
294 : 0 : case SDF_DATA_HEADER_CAS:
295 : :
296 [ # # # # ]: 0 : if (wait_for_CAS && 0 < normalize_string(line))
297 : : {
298 : 0 : *CAS_num = SDFileExtractCASNo(line);
299 : 0 : wait_for_CAS = (0LU == *CAS_num);
300 : : }
301 : 0 : goto got_data_line;
302 : :
303 : : case SDF_DATA_HEADER:
304 : : case SDF_DATA_LINE:
305 : :
306 : 0 : got_data_line:
307 [ # # ]: 0 : current_state = *line ? SDF_DATA_LINE : SD_FMT_END_OF_DATA_ITEM;
308 : 0 : break;
309 : : }
310 : : }
311 : :
312 [ + - + - : 54 : if (!err && SD_FMT_END_OF_DATA_BLOCK != current_state && NULL == p)
+ - ]
313 : : {
314 : : ; /* err = 4; */ /* unexpected end of file: missing $$$$ */
315 : : }
316 : :
317 [ # # # # : 0 : else if (err && (n_blank_lines == n_lines && *line == '\0'))
# # ]
318 : : {
319 : : /* empty lines -- do not know when this can happen */
320 : 0 : err = 5;
321 : : }
322 : :
323 [ - + - - : 54 : if (err && err != 5 && current_state != SD_FMT_END_OF_DATA_BLOCK && p)
- - - - ]
324 : : {
325 : : /* bypass up to $$$$ */
326 [ # # ]: 0 : while ((p = inchi_fgetsLf(line, line_len, inp_file)) &&
327 [ # # ]: 0 : memcmp(line, SD_FMT_END_OF_DATA, 4))
328 : : {
329 : : ;
330 : : }
331 [ # # ]: 0 : if (p)
332 : : {
333 : : /* arrived to $$$$; non-fatal */
334 : 0 : err = 9;
335 [ # # ]: 0 : if (!bNoWarnings)
336 : : {
337 : 0 : WarningMessage(pStrErr, "Bypassing to next structure");
338 : : }
339 : : }
340 : : }
341 : :
342 : 54 : return err;
343 : : }
344 : :
345 : : /****************************************************************************/
346 : 0 : int SDFileIdentifyLabel(char *inp_line, const char *pSdfLabel)
347 : : {
348 : : char line[MOL_FMT_MAXLINELEN];
349 : : char *p, *q;
350 : 0 : int i, j, len, tmp1 = 0, tmp2 = 0, cnd = 0;
351 : :
352 [ # # ]: 0 : if ((p = strchr(inp_line, '<')) &&
353 [ # # ]: 0 : (q = strchr(p, '>')) &&
354 [ # # # # ]: 0 : (len = q - p - 1) > 0 && len < (int)sizeof(line))
355 : : {
356 : 0 : memcpy(line, p + 1, len);
357 : 0 : line[len] = '\0';
358 : :
359 [ # # # # ]: 0 : for (i = 0; (i < len) && (cnd == 0); i++)
360 : : {
361 [ # # ]: 0 : if (isspace(UCINT line[i]))
362 : : {
363 : 0 : tmp1 = i;
364 : 0 : cnd = 1;
365 : : }
366 : : }
367 : :
368 : 0 : cnd = 0;
369 : :
370 [ # # # # ]: 0 : for (j = len - 1; (j >= tmp1) && (cnd == 0); j--)
371 : : {
372 [ # # ]: 0 : if (isspace(UCINT line[j]))
373 : : {
374 : 0 : tmp2 = j;
375 : 0 : cnd = 1;
376 : : }
377 : : }
378 : :
379 : 0 : len = tmp2 - tmp1 + 1;
380 : 0 : p = line + tmp1;
381 : :
382 [ # # # # : 0 : if (pSdfLabel && pSdfLabel[0] && len == (int)strlen(pSdfLabel) && !inchi_memicmp(p, pSdfLabel, len))
# # # # ]
383 : : {
384 : 0 : return SDF_DATA_HEADER_USER;
385 : : }
386 : :
387 [ # # # # ]: 0 : if (len == sizeof(sdf_data_hdr_name) - 1 && !inchi_memicmp(p, sdf_data_hdr_name, len))
388 : : {
389 : 0 : return SDF_DATA_HEADER_NAME;
390 : : }
391 : :
392 [ # # # # ]: 0 : if (len == sizeof(sdf_data_hdr_comm) - 1 && !inchi_memicmp(p, sdf_data_hdr_comm, len))
393 : : {
394 : 0 : return SDF_DATA_HEADER_COMMENT;
395 : : }
396 : :
397 [ # # ]: 0 : if (!inchi_memicmp(p, "CAS", 3))
398 : : {
399 : 0 : return SDF_DATA_HEADER_CAS;
400 : : }
401 : : }
402 : :
403 : 0 : return SDF_DATA_HEADER;
404 : : }
405 : :
406 : : /****************************************************************************/
407 : 0 : unsigned long SDFileExtractCASNo(char *line)
408 : : {
409 : : int i, j;
410 : :
411 : 0 : i = line[0] == '-' ? 1 : 0;
412 : :
413 [ # # ]: 0 : for (j = i; line[i]; i++)
414 : : {
415 [ # # ]: 0 : if (isdigit(UCINT line[i]))
416 : : {
417 : 0 : line[j++] = line[i];
418 : : }
419 [ # # ]: 0 : else if (line[i] != '-')
420 : : {
421 : 0 : break;
422 : : }
423 : : }
424 : :
425 : 0 : line[j] = '\0';
426 : :
427 : 0 : return strtoul(line, NULL, 10);
428 : : }
429 : :
430 : : /****************************************************************************
431 : : NUM_LISTS - dynamically growing array of int lists
432 : : ****************************************************************************/
433 : 192 : int NumLists_Alloc(NUM_LISTS *num_lists, int nlists)
434 : : {
435 [ + - ]: 192 : if (num_lists)
436 : : {
437 [ + - ]: 192 : if ((num_lists->lists = (int **)inchi_calloc(nlists, sizeof(int *)))) /* djb-rwth: addressing LLVM warning */
438 : : {
439 : 192 : num_lists->increment =
440 : 192 : num_lists->allocated = nlists;
441 : 192 : return 0; /* ok */
442 : : }
443 : : }
444 : :
445 : 0 : return -1; /* error */
446 : : }
447 : :
448 : : /****************************************************************************/
449 : 2 : int NumLists_ReAlloc(NUM_LISTS *num_lists)
450 : : {
451 [ + - ]: 2 : if (num_lists)
452 : : {
453 [ + - + - : 2 : if (num_lists->lists && num_lists->allocated > 0 && num_lists->increment > 0)
+ - ]
454 : : {
455 : 2 : void *p = num_lists->lists;
456 : 2 : if ((num_lists->lists =
457 [ + - ]: 2 : (int **)inchi_calloc((long long)num_lists->allocated + (long long)num_lists->increment, sizeof(int *)))) /* djb-rwth: cast operators added; addressing LLVM warning */
458 : : {
459 : 2 : memcpy(num_lists->lists, p, num_lists->used * sizeof(num_lists->lists[0]));
460 [ + - ]: 2 : inchi_free(p);
461 : 2 : num_lists->allocated += num_lists->increment;
462 : 2 : return 0; /* ok */
463 : : }
464 : : }
465 : : }
466 : :
467 : 0 : return -1; /* error */
468 : : }
469 : :
470 : : /****************************************************************************/
471 : 104 : int NumLists_Append(NUM_LISTS *num_lists, int *list)
472 : : {
473 [ + - ]: 104 : if (num_lists)
474 : : {
475 [ + + ]: 104 : if (num_lists->used + 1 > num_lists->allocated)
476 : : {
477 : : /* need to expand buffer */
478 [ - + ]: 2 : if (NumLists_ReAlloc(num_lists))
479 : : {
480 : 0 : return -1; /* error */
481 : : }
482 : : }
483 : 104 : num_lists->lists[num_lists->used++] = list;
484 : 104 : return 0;
485 : : }
486 : :
487 : 0 : return -1;
488 : : }
489 : :
490 : : /****************************************************************************/
491 : 192 : void NumLists_Free(NUM_LISTS *num_lists)
492 : : {
493 [ + - ]: 192 : if (num_lists)
494 : : {
495 : : int i;
496 [ + + ]: 296 : for (i = 0; i < num_lists->used; i++)
497 [ + - ]: 104 : inchi_free(num_lists->lists[i]); /* djb-rwth: unresolved issue -- revision required? -- false positive as this function just does the clean-up job */
498 [ + - ]: 192 : inchi_free(num_lists->lists);
499 : 192 : memset(num_lists, 0, sizeof(*num_lists)); /* djb-rwth: memset_s C11/Annex K variant? */
500 : : }
501 : 192 : }
502 : :
503 : : /****************************************************************************
504 : : INT_ARRAY - dynamically growing array of int
505 : : ****************************************************************************/
506 : :
507 : : /****************************************************************************
508 : : Allocate new array, return 0 if OK, -1 otherwise
509 : : ****************************************************************************/
510 : 540 : int IntArray_Alloc(INT_ARRAY *items, int nitems)
511 : : {
512 [ + - ]: 540 : if ((items->item = (int *)inchi_calloc(nitems, sizeof(int)))) /* djb-rwth: addressing LLVM warning */
513 : : {
514 : 540 : items->increment = items->allocated = nitems;
515 : 540 : items->used = 0;
516 : 540 : return 0;
517 : : }
518 : :
519 : 0 : return -1;
520 : : }
521 : :
522 : : /****************************************************************************
523 : : Expand array, return 0 if OK, -1 otherwise
524 : : ****************************************************************************/
525 : 0 : int IntArray_ReAlloc(INT_ARRAY *items)
526 : : {
527 [ # # ]: 0 : if (items)
528 : : {
529 [ # # # # : 0 : if (items->item && items->allocated > 0 && items->increment > 0)
# # ]
530 : : {
531 : 0 : void *p = items->item;
532 : 0 : if ((items->item =
533 [ # # ]: 0 : (int *)inchi_calloc((long long)items->allocated + (long long)items->increment, sizeof(items->item[0])))) /* djb-rwth: cast operators added; addressing LLVM warning */
534 : : {
535 : 0 : memcpy(items->item, p, items->used * sizeof(items->item[0]));
536 [ # # ]: 0 : inchi_free(p);
537 : 0 : items->allocated += items->increment;
538 : 0 : return 0;
539 : : }
540 [ # # ]: 0 : inchi_free(p);
541 : : }
542 : : }
543 : :
544 : 0 : return -1;
545 : : }
546 : :
547 : : /****************************************************************************
548 : : Push new item to the end of array
549 : : ****************************************************************************/
550 : 0 : int IntArray_Append(INT_ARRAY *items, int new_item)
551 : : {
552 [ # # ]: 0 : if (items)
553 : : {
554 [ # # ]: 0 : if (items->used + 1 > items->allocated)
555 : : {
556 : : /* need to expand buffer */
557 [ # # ]: 0 : if (IntArray_ReAlloc(items))
558 : : {
559 : 0 : return -1;
560 : : }
561 : : }
562 : 0 : items->item[items->used++] = new_item;
563 : 0 : return 0;
564 : : }
565 : :
566 : 0 : return -1;
567 : : }
568 : :
569 : : /****************************************************************************
570 : : Push new item to the end of array only if it is absent there
571 : : ****************************************************************************/
572 : 0 : int IntArray_AppendIfAbsent(INT_ARRAY *items, int new_item)
573 : : {
574 [ # # ]: 0 : if (!is_in_the_ilist(items->item, new_item, items->used))
575 : : {
576 : 0 : return IntArray_Append(items, new_item);
577 : : }
578 : 0 : return 0;
579 : : }
580 : :
581 : : /****************************************************************************/
582 : 0 : void IntArray_DebugPrint(INT_ARRAY *items)
583 : : {
584 [ # # ]: 0 : if (items)
585 : : {
586 : : int i;
587 [ # # ]: 0 : if (items->used > 0)
588 : : {
589 [ # # ]: 0 : for (i = 0; i < items->used - 1; i++)
590 : : {
591 : : ITRACE_("%-d, ", items->item[i]);
592 : : }
593 : : ITRACE_("%-d\n", items->item[items->used - 1]);
594 : : }
595 : : else
596 : : {
597 : : ; /*ITRACE_( "[None]\n");*/
598 : : }
599 : : }
600 : 0 : }
601 : :
602 : : /****************************************************************************/
603 : 0 : void IntArray_Reset(INT_ARRAY *items)
604 : : {
605 : 0 : items->used = 0;
606 : 0 : return;
607 : : }
608 : :
609 : : /****************************************************************************/
610 : 540 : void IntArray_Free(INT_ARRAY *items)
611 : : {
612 [ + - ]: 540 : if (items)
613 : : {
614 [ + - ]: 540 : if (items->item)
615 : : {
616 [ + - ]: 540 : inchi_free(items->item);
617 : : }
618 : 540 : memset(items, 0, sizeof(*items)); /* djb-rwth: memset_s C11/Annex K variant? */
619 : : }
620 : 540 : return;
621 : : }
622 : :
623 : : /****************************************************************************
624 : : MOL_FMT_SGROUPS - dynamically growing array of pointers to SGroups
625 : : ****************************************************************************/
626 : :
627 : : /*
628 : : SGroup
629 : : */
630 : :
631 : : /****************************************************************************
632 : : Allocate new array Sgroup, return 0 if OK, -1 otherwise
633 : : ****************************************************************************/
634 : 0 : int MolFmtSgroup_Create(MOL_FMT_SGROUP **sgroup, int id, int type)
635 : : {
636 : 0 : *sgroup = (MOL_FMT_SGROUP *)inchi_calloc(1, sizeof(MOL_FMT_SGROUP));
637 [ # # ]: 0 : if (*sgroup)
638 : : {
639 [ # # # # ]: 0 : if (IntArray_Alloc(&((*sgroup)->alist), 8) ||
640 : 0 : IntArray_Alloc(&((*sgroup)->blist), 8))
641 : : {
642 : 0 : MolFmtSgroup_Free(*sgroup);
643 : 0 : return -1;
644 : : }
645 : 0 : (*sgroup)->id = id;
646 : 0 : (*sgroup)->type = type;
647 : :
648 : 0 : (*sgroup)->subtype = 0;
649 : 0 : (*sgroup)->conn = 0;
650 : 0 : (*sgroup)->label = 0;
651 : :
652 : 0 : return 0;
653 : : }
654 : 0 : return -1;
655 : : }
656 : :
657 : : /****************************************************************************/
658 : 0 : void MolFmtSgroup_Free(MOL_FMT_SGROUP *sgroup)
659 : : {
660 [ # # ]: 0 : if (sgroup)
661 : : {
662 : 0 : IntArray_Free(&(sgroup->alist));
663 : 0 : IntArray_Free(&(sgroup->blist));
664 [ # # ]: 0 : inchi_free(sgroup);
665 : : }
666 : 0 : }
667 : :
668 : : /*
669 : : SGroups
670 : : */
671 : :
672 : : /****************************************************************************
673 : : Allocate new array of Sgroups, return 0 if OK, -1 otherwise
674 : : ****************************************************************************/
675 : 54 : int MolFmtSgroups_Alloc(MOL_FMT_SGROUPS *sgroups, int nsgroups)
676 : : {
677 [ + - ]: 54 : if (sgroups)
678 : : {
679 [ + - ]: 54 : if (NULL != (sgroups->group = (MOL_FMT_SGROUP **)inchi_calloc(nsgroups, sizeof(MOL_FMT_SGROUP *))))
680 : : {
681 : : /* ITRACE_( "\nAllocated sgroups->group at %-p \n", sgroups->group ); */
682 : 54 : sgroups->increment = sgroups->allocated = nsgroups;
683 : 54 : return 0;
684 : : }
685 : : }
686 : :
687 : 0 : return -1;
688 : : }
689 : :
690 : : /****************************************************************************
691 : : Expand array of Sgroups, return 0 if OK, -1 otherwise
692 : : ****************************************************************************/
693 : 0 : int MolFmtSgroups_ReAlloc(MOL_FMT_SGROUPS *sgroups)
694 : : {
695 [ # # ]: 0 : if (sgroups)
696 : : {
697 [ # # # # : 0 : if (sgroups->group && sgroups->allocated > 0 && sgroups->increment > 0)
# # ]
698 : : {
699 : 0 : void *p = sgroups->group;
700 [ # # ]: 0 : if ((sgroups->group = (MOL_FMT_SGROUP **)inchi_calloc( (long long)sgroups->allocated + (long long)sgroups->increment,
701 : : sizeof( sgroups->group[0] ) ))) /* djb-rwth: cast operators added; addressing LLVM warning */
702 : : {
703 : 0 : memcpy(sgroups->group, p, sgroups->used * sizeof(sgroups->group[0]));
704 [ # # ]: 0 : inchi_free(p);
705 : 0 : sgroups->allocated += sgroups->increment;
706 : 0 : return 0; /* ok */
707 : : }
708 : : }
709 : : }
710 : :
711 : 0 : return -1;
712 : : }
713 : :
714 : : /****************************************************************************/
715 : 0 : int MolFmtSgroups_Append(MOL_FMT_SGROUPS *sgroups, int id, int type)
716 : : {
717 [ # # ]: 0 : if (sgroups)
718 : : {
719 : : /* Make new Sgroup */
720 : 0 : MOL_FMT_SGROUP *sgroup = NULL;
721 [ # # ]: 0 : if (0 != MolFmtSgroup_Create(&sgroup, id, type))
722 : : {
723 : 0 : return -1;
724 : : }
725 : : /* Add new created Sgroup to Sgroups */
726 [ # # ]: 0 : if (sgroups->used + 1 > sgroups->allocated)
727 : : {
728 : : /* expand buffer */
729 [ # # ]: 0 : if (MolFmtSgroups_ReAlloc(sgroups))
730 : : {
731 : 0 : MolFmtSgroup_Free(sgroup); /* djb-rwth: avoiding memory leak */
732 : 0 : return -1; /* no RAM */
733 : : }
734 : : }
735 : 0 : sgroups->group[sgroups->used++] = sgroup;
736 : :
737 : : /*
738 : : {
739 : : int num = sgroups->used-1;
740 : : printf("\nCreated/added Sgroup: id=%-d ( num in Sgroups=%-d ) of type=%-d \n", sgroups->group[num]->id, num, sgroups->group[num]->type );
741 : : }
742 : : */
743 : :
744 : 0 : return 0;
745 : : }
746 : :
747 : 0 : return -1;
748 : : }
749 : :
750 : : /****************************************************************************/
751 : 54 : void MolFmtSgroups_Free(MOL_FMT_SGROUPS *sgroups)
752 : : {
753 [ + - ]: 54 : if (sgroups)
754 : : {
755 : : int i;
756 [ - + ]: 54 : for (i = 0; i < sgroups->used; i++)
757 : : {
758 : 0 : MolFmtSgroup_Free(sgroups->group[i]);
759 : : }
760 : :
761 : : /* ITRACE_( "\nAbout to free sgroups->group at %-p\n", sgroups->group ); */
762 [ + - ]: 54 : inchi_free(sgroups->group);
763 : :
764 : 54 : memset(sgroups, 0, sizeof(MOL_FMT_SGROUPS)); /* djb-rwth: memset_s C11/Annex K variant? */
765 : : }
766 : 54 : }
767 : :
768 : : /****************************************************************************/
769 : 0 : int MolFmtSgroups_GetIndexBySgroupId(int id, MOL_FMT_SGROUPS *sgroups)
770 : : {
771 : : int i;
772 [ # # ]: 0 : for (i = 0; i < sgroups->used; i++)
773 : : {
774 [ # # ]: 0 : if (sgroups->group[i]->id == id)
775 : : {
776 : 0 : return i;
777 : : }
778 : : }
779 : 0 : return -1;
780 : : }
781 : :
782 : : /****************************************************************************/
783 : 0 : int OrigAtData_WriteToSDfile(const ORIG_ATOM_DATA *inp_at_data,
784 : : INCHI_IOSTREAM *fcb,
785 : : const char *name,
786 : : const char *comment,
787 : : int bChiralFlag,
788 : : int bAtomsDT,
789 : : const char *szLabel,
790 : : const char *szValue)
791 : : {
792 : 0 : int num_bonds = 0, nNumAddLines = 0, nNumIsoLines = 0, nNumChargeLines = 0,
793 : 0 : nNumRadicalLines = 0, nNumAliasLines = 0, ret = 0;
794 : : INT_ARRAY written_bond_ends;
795 : :
796 : 0 : OrigAtData_WriteToSDfileHeaderAndCountThings((ORIG_ATOM_DATA *)inp_at_data,
797 : : fcb, name, comment,
798 : : bChiralFlag, bAtomsDT,
799 : : szLabel, szValue,
800 : : &nNumAliasLines,
801 : : &nNumChargeLines,
802 : : &nNumRadicalLines,
803 : : &nNumIsoLines,
804 : : &nNumAddLines,
805 : : &num_bonds);
806 : :
807 [ # # # # ]: 0 : if (IntArray_Alloc(&written_bond_ends, num_bonds ? num_bonds : 255))
808 : : {
809 : 0 : ret = _IS_ERROR;
810 : 0 : goto exit_function;
811 : : }
812 : :
813 : 0 : OrigAtData_WriteToSDfileAtomsBlock(inp_at_data, fcb, name, comment,
814 : : bAtomsDT, szLabel, szValue);
815 : :
816 : 0 : OrigAtData_WriteToSDfileBondsBlock(inp_at_data, fcb, name, comment,
817 : : szLabel, szValue, &written_bond_ends);
818 : :
819 [ # # ]: 0 : if (nNumAddLines)
820 : : {
821 : 0 : OrigAtData_WriteToSDfileAdditionalLines(inp_at_data, fcb, name, comment,
822 : : bAtomsDT, szLabel, szValue,
823 : : nNumAliasLines, nNumChargeLines,
824 : : nNumRadicalLines, nNumIsoLines,
825 : : &written_bond_ends);
826 : : }
827 : :
828 : : /* Add field with label/ID if applicable and mark the end of record */
829 [ # # # # ]: 0 : if (szValue && szValue[0])
830 : : {
831 [ # # # # ]: 0 : if (szLabel && szLabel[0])
832 : : {
833 : 0 : inchi_ios_print_nodisplay(fcb, "> <%s>\n", szLabel);
834 : : }
835 : : else
836 : : {
837 : 0 : inchi_ios_print_nodisplay(fcb, "> <ID>\n");
838 : : }
839 : 0 : inchi_ios_print_nodisplay(fcb, " %s\n\n", szValue);
840 : : }
841 : 0 : inchi_ios_print_nodisplay(fcb, "$$$$\n");
842 : :
843 : 0 : exit_function:
844 : 0 : IntArray_Free(&written_bond_ends);
845 : :
846 : 0 : return ret;
847 : : }
848 : :
849 : : /****************************************************************************
850 : : OrigAtData : Write To SDfile : Atoms Block
851 : : ****************************************************************************/
852 : 0 : int OrigAtData_WriteToSDfileHeaderAndCountThings(const ORIG_ATOM_DATA *inp_at_data,
853 : : INCHI_IOSTREAM *fcb,
854 : : const char *name,
855 : : const char *comment,
856 : : int bChiralFlag,
857 : : int bAtomsDT,
858 : : const char *szLabel,
859 : : const char *szValue,
860 : : int *nNumAliasLines,
861 : : int *nNumChargeLines,
862 : : int *nNumRadicalLines,
863 : : int *nNumIsoLines,
864 : : int *nNumAddLines,
865 : : int *num_bonds)
866 : : {
867 : 0 : int i, ret = 0;
868 : : int bAtomNeedsAlias,
869 : 0 : nNumNecessaryIsoLines = 0,
870 : 0 : nNumNecessaryChgLines = 0,
871 : 0 : nNumNecessaryRadLines = 0;
872 : 0 : int num_atoms = inp_at_data->num_inp_atoms;
873 : 0 : int bV2000 = SDF_OUTPUT_V2000;
874 : 0 : const inp_ATOM *at = inp_at_data->at;
875 : :
876 : : {
877 : : char strLocName[82];
878 : 0 : memset(strLocName, 0, sizeof(strLocName)); /* djb-rwth: memset_s C11/Annex K variant? */
879 [ # # # # ]: 0 : if (name && *name)
880 : : {
881 : 0 : strncpy(strLocName, name, 80);
882 : : }
883 : 0 : inchi_ios_print_nodisplay(fcb, "%s\n", strLocName);
884 : : }
885 : :
886 : : /**********************************************************************/
887 : : /** **/
888 : : /** Important: Atoms with alias cannot have charge, radical **/
889 : : /** isotope differences are allowed **/
890 : : /** **/
891 : : /** Atoms with alias cannot be abnormal. **/
892 : : /** **/
893 : : /** Abnormal atoms are atoms which need M CHG, M RAD, M ISO **/
894 : : /** **/
895 : : /** Output aliased atoms if they have implicit D or T **/
896 : : /** **/
897 : : /**********************************************************************/
898 : :
899 : : /* F10.5 F12.5 I6
900 : : IIPPPPPPPPMMDDYYHHmmddSSssssssssssEEEEEEEEEEEERRRRRR
901 : : inchi_ios_eprint( fcb,"NISTTRANHP09089809272D 1 1.0 0.0 %6ld\n", lEpa);*/
902 : : /*^^^
903 : : inchi_ios_print_nodisplay( fcb," %s v%s SDfile Output \n", INCHI_NAME, INCHI_VERSION);
904 : :
905 : : Changed 01/10/2009 to conform CTFile specification (by Symyx request)*/
906 : :
907 : 0 : inchi_ios_print_nodisplay(fcb,
908 : : /* IIPPPPPPPPMMDDYYHHmmddSSssssssssssEEEEEEEEEEEERRRRRR*/
909 : : " InChIV10 \n");
910 : : /*y_fprintf(fcb, " -CPSS- 1213981200n\n");*/
911 : :
912 : : {
913 : : char strLocName[82];
914 : :
915 : 0 : memset(strLocName, 0, sizeof(strLocName)); /* djb-rwth: memset_s C11/Annex K variant? */
916 [ # # # # ]: 0 : if (comment && *comment)
917 : : {
918 : 0 : strncpy(strLocName, comment, 80);
919 : : }
920 : 0 : inchi_ios_print_nodisplay(fcb, "%s\n", strLocName);
921 : : }
922 : :
923 : 0 : *num_bonds = 0;
924 [ # # ]: 0 : for (i = 0; i < num_atoms; i++)
925 : : {
926 : 0 : (*num_bonds) += at[i].valence;
927 : : }
928 : 0 : (*num_bonds) /= 2;
929 : :
930 : : /*find if we need "M CHG" and "M RAD"*/
931 [ # # ]: 0 : for (i = 0; i < num_atoms; i++)
932 : : {
933 [ # # ]: 0 : if ((bAtomNeedsAlias = ALIASED_AT(i))) /* djb-rwth: addressing LLVM warning */
934 : : {
935 : : /* has isotopic implicit D or T; ignoring pure 1H */
936 : 0 : (*nNumAliasLines) += 2 * bAtomNeedsAlias;
937 : : }
938 : : else
939 : : {
940 : : /* abnormal means atom needs CHG, RAD, or ISO entry */
941 : : /* nNumAddLines += ABNORMAL_AT(i); */
942 : : /* nNumIso += ( 0 == strcmp( at[i].elname, "D" ) || ( 0 == strcmp( at[i].elname, "T" ) || at[i].iso_atw_diff ) ); */
943 : : /* nNumAddIso += at[i].iso_atw_diff && (at[i].iso_atw_diff == 1 || at[i].iso_atw_diff < -3 || at[i].iso_atw_diff > 5 ); */
944 [ # # # # : 0 : nNumNecessaryIsoLines += ABNORMAL_ISO(i);
# # ]
945 : 0 : nNumNecessaryChgLines += ABNORMAL_CHG(i);
946 [ # # # # ]: 0 : nNumNecessaryRadLines += ABNORMAL_RAD(i);
947 [ # # # # : 0 : (*nNumIsoLines) += ANY_ISO(i, bAtomsDT);
# # # # #
# # # # #
# # # # #
# # # # #
# # # # #
# ]
948 : 0 : (*nNumChargeLines) += ANY_CHG(i);
949 [ # # # # ]: 0 : (*nNumRadicalLines) += ANY_RAD(i);
950 : : }
951 : : }
952 : :
953 : 0 : *nNumChargeLines = (*nNumChargeLines + 7) / 8;
954 : 0 : *nNumRadicalLines = (*nNumRadicalLines + 7) / 8;
955 : 0 : *nNumIsoLines = (*nNumIsoLines + 7) / 8;
956 : :
957 [ # # ]: 0 : if (!bV2000)
958 : : {
959 [ # # # # ]: 0 : if (!nNumNecessaryRadLines && !nNumNecessaryChgLines)
960 : : {
961 : 0 : *nNumRadicalLines = 0;
962 : 0 : *nNumChargeLines = 0;
963 : : }
964 [ # # ]: 0 : if (!nNumNecessaryIsoLines)
965 : : {
966 : 0 : *nNumIsoLines = 0;
967 : : }
968 : : }
969 : :
970 : : /* recalculate number of added lines */
971 : 0 : *nNumAddLines = *nNumChargeLines + *nNumRadicalLines + *nNumIsoLines + *nNumAliasLines; /* 1 for M END*/
972 : :
973 [ # # # # ]: 0 : if (*nNumAddLines || bV2000)
974 : : {
975 : 0 : *nNumAddLines += 1; /* add 1 for "M END" line*/
976 : : }
977 : :
978 : : /* aaabbblllfffcccsssxxxrrrpppiiimmmvvvvvv */
979 : :
980 : 0 : inchi_ios_print_nodisplay(fcb, "%3d%3d 0 0%3d 0 0 0 0 0%3d%s\n",
981 [ # # ]: 0 : num_atoms, *num_bonds, bChiralFlag ? 1 : 0, *nNumAddLines, *nNumAddLines ? " V2000" : "");
982 : :
983 : 0 : return ret;
984 : : }
985 : :
986 : : /****************************************************************************
987 : : OrigAtData : Write To SDfile : Atoms Block
988 : : ****************************************************************************/
989 : 0 : int OrigAtData_WriteToSDfileAtomsBlock(const ORIG_ATOM_DATA *inp_at_data,
990 : : INCHI_IOSTREAM *fcb,
991 : : const char *name,
992 : : const char *comment,
993 : : int bAtomsDT,
994 : : const char *szLabel,
995 : : const char *szValue)
996 : : {
997 : 0 : int i, ret = 0;
998 : : int bAtomNeedsAlias;
999 : : /* djb-rwth: removing redundant variables */
1000 : 0 : int num_atoms = inp_at_data->num_inp_atoms;
1001 : 0 : const inp_ATOM *at = inp_at_data->at;
1002 : : double x, y, z;
1003 : :
1004 [ # # ]: 0 : for (i = 0; i < num_atoms; i++)
1005 : : {
1006 : 0 : char elname[ATOM_EL_LEN] = "\0\0\0\0\0";
1007 : 0 : int iso = 0;
1008 : 0 : int charge = 0;
1009 : 0 : int valence = 0;
1010 [ # # # # : 0 : int nIsotopeH = IS_DEUTERIUM( i ) ? 1 : IS_TRITIUM( i ) ? 2 : 0;
# # # # #
# # # ]
1011 : : int bonds_val;
1012 : 0 : bAtomNeedsAlias = ALIASED_AT( i );
1013 : 0 : memset( elname, 0, sizeof( elname ) ); /* djb-rwth: memset_s C11/Annex K variant? */
1014 : :
1015 [ # # ]: 0 : if (bAtomNeedsAlias)
1016 : : {
1017 : : /* alias */
1018 : 0 : strcpy(elname, "C");
1019 : : }
1020 : : else
1021 : : {
1022 : : /* isotope*/
1023 [ # # ]: 0 : if (nIsotopeH)
1024 : : {
1025 [ # # # # ]: 0 : strcpy(elname, bAtomsDT ? (nIsotopeH == 1 ? "D" : "T") : "H");
1026 : : }
1027 : : else
1028 : : {
1029 : 0 : strncpy(elname, at[i].elname, sizeof(elname) - 1);
1030 : 0 : elname[sizeof(elname) - 1] = 0; /* adding zero termination after strncpy */
1031 : : }
1032 [ # # # # : 0 : if (!ABNORMAL_CHG(i) && !ANY_RAD(i))
# # ]
1033 : : {
1034 : : /* charge*/
1035 : : /* Only atoms without alias can be here*/
1036 [ # # # # : 0 : switch (at[i].charge)
# # # # ]
1037 : : {
1038 : 0 : case 3:
1039 : 0 : charge = 1;
1040 : 0 : break;
1041 : 0 : case 2:
1042 : 0 : charge = 2;
1043 : 0 : break;
1044 : 0 : case 1:
1045 : 0 : charge = 3;
1046 : 0 : break;
1047 : 0 : case -1:
1048 : 0 : charge = 5;
1049 : 0 : break;
1050 : 0 : case -2:
1051 : 0 : charge = 6;
1052 : 0 : break;
1053 : 0 : case -3:
1054 : 0 : charge = 7;
1055 : 0 : break;
1056 : 0 : case 0:
1057 : 0 : charge = 0;
1058 : 0 : break;
1059 : 0 : default:
1060 : 0 : break; /* djb-rwth: removing redundant code */
1061 : : }
1062 : : }
1063 : :
1064 : : /* radical*/
1065 [ # # # # : 0 : if (ANY_RAD(i) && !ANY_CHG(i))
# # ]
1066 : : {
1067 [ # # ]: 0 : if (at[i].radical == RADICAL_DOUBLET)
1068 : : {
1069 : 0 : charge = 4;
1070 : : }
1071 : : }
1072 : : }
1073 : :
1074 : : /* allow isotopic shift for aliased atoms */
1075 [ # # # # : 0 : if (NORMAL_ISO(i, bAtomsDT))
# # # # #
# # # # #
# # # # #
# # # # #
# # # # #
# # # # #
# # # # ]
1076 : : {
1077 [ # # ]: 0 : iso = at[i].iso_atw_diff > 0 ? at[i].iso_atw_diff - 1 :
1078 [ # # ]: 0 : at[i].iso_atw_diff < 0 ? at[i].iso_atw_diff :
1079 : : nIsotopeH ? nIsotopeH : 0; /* djb-rwth: removing redundant code */
1080 : : }
1081 : :
1082 : 0 : x = at[i].x;
1083 : 0 : y = at[i].y;
1084 : 0 : z = at[i].z;
1085 : :
1086 : : /* valence -- set only if needed */
1087 : 0 : bonds_val = nBondsValenceInpAt(at + i, NULL, NULL);
1088 : 0 : valence = needed_unusual_el_valence(at[i].el_number, at[i].charge, at[i].radical,
1089 : 0 : at[i].chem_bonds_valence, bonds_val, NUMH(at, i), at[i].valence);
1090 : :
1091 [ # # ]: 0 : if (valence < 0)
1092 : : {
1093 : 0 : valence = 15; /* means no bonds nor H */
1094 : : }
1095 : :
1096 : : /* Convert "Zz" to "*" element symbol */
1097 : :
1098 [ # # # # ]: 0 : if (!strcmp(elname, "Zz") || !strcmp(elname, "Zy"))
1099 : : {
1100 : 0 : strcpy(elname, "*");
1101 : : }
1102 : :
1103 : : /*inchi_ios_eprint(fcb,"%10.4f%10.4f%10.4f %-3.3s%2d%3d 0 0 0 0 0 0 0\n",*/
1104 : : /* (float)at[i].x, (float)(-at[i].y), fzero, at[i].elname, iso, charge);*/
1105 : : /* xxxxxxyyyyyyzzzzzz aaa____ddcccsssnnnbbbvvvrrriiimmmeee */
1106 : 0 : inchi_ios_print_nodisplay(fcb, "%10.4f%10.4f%10.4f %-3.3s%2d%3d 0 0%3d 0 0 0 0\n",
1107 : : x, y, z, elname, (int)iso, (int)charge, valence /* at[i].special*/);
1108 : :
1109 : : /* Reflect image against x-axis; */
1110 : : /* when transforming MOLfile back to STDATA in mol_to_stdata(...), */
1111 : : /* make one more reflection to restore original orientation. */
1112 : : /* Reason: in MS Search y-axis is directed from top to bottom, */
1113 : : /* while in MOLfile y-axis goes from bottom to top. */
1114 : : }
1115 : :
1116 : 0 : return ret;
1117 : : }
1118 : :
1119 : : /****************************************************************************
1120 : : OrigAtData : Write To SDfile : Bonds Block
1121 : : ****************************************************************************/
1122 : 0 : int OrigAtData_WriteToSDfileBondsBlock( const ORIG_ATOM_DATA *inp_at_data,
1123 : : INCHI_IOSTREAM *fcb,
1124 : : const char *name,
1125 : : const char *comment,
1126 : : const char *szLabel,
1127 : : const char *szValue,
1128 : : INT_ARRAY *written_bond_ends )
1129 : : {
1130 : 0 : int i, j, k, ret = 0;
1131 : 0 : int num_atoms = inp_at_data->num_inp_atoms;
1132 : 0 : const inp_ATOM *at = inp_at_data->at;
1133 : :
1134 : : /* bonds*/
1135 [ # # ]: 0 : for (i = 0; i < num_atoms; i++)
1136 : : {
1137 [ # # ]: 0 : for (j = 0; j < at[i].valence; j++)
1138 : : {
1139 [ # # ]: 0 : if (i < at[i].neighbor[j])
1140 : : {
1141 : : unsigned a1, a2;
1142 [ # # ]: 0 : if ((k = at[i].bond_stereo[j])) /* djb-rwth: addressing LLVM warning */
1143 : : {
1144 : : /* bond stereo */
1145 [ # # ]: 0 : if (k < 0)
1146 : : {
1147 : : /* transposition */
1148 : 0 : a1 = (unsigned)(at[i].neighbor[j] + 1);
1149 : 0 : a2 = (unsigned)(i + 1);
1150 : 0 : inchi_ios_print_nodisplay(fcb, "%3u%3u%3u%3u 0 0 0\n",
1151 : 0 : a1, a2, (unsigned)(at[i].bond_type[j]), (unsigned)abs(k));
1152 : : }
1153 : : else
1154 : : {
1155 : : /* no transposition*/
1156 : 0 : a1 = (unsigned)(i + 1);
1157 : 0 : a2 = (unsigned)(at[i].neighbor[j] + 1);
1158 : 0 : inchi_ios_print_nodisplay(fcb, "%3u%3u%3u%3u 0 0 0\n",
1159 : 0 : a1, a2, (unsigned)(at[i].bond_type[j]), (unsigned)abs(k));
1160 : : }
1161 : : }
1162 : : else
1163 : : {
1164 : 0 : a1 = (unsigned)(i + 1);
1165 : 0 : a2 = (unsigned)(at[i].neighbor[j] + 1);
1166 : 0 : inchi_ios_print_nodisplay(fcb, "%3u%3u%3u 0 0 0 0\n",
1167 : 0 : a1, a2, (unsigned)(at[i].bond_type[j]));
1168 : : }
1169 : :
1170 : 0 : IntArray_Append(written_bond_ends, a1);
1171 : 0 : IntArray_Append(written_bond_ends, a2);
1172 : : }
1173 : : }
1174 : : }
1175 : :
1176 : 0 : return ret;
1177 : : }
1178 : :
1179 : : /****************************************************************************
1180 : : OrigAtData : Write To SDfile : Additional Lines
1181 : : ****************************************************************************/
1182 : 0 : int OrigAtData_WriteToSDfileAdditionalLines( const ORIG_ATOM_DATA *inp_at_data,
1183 : : INCHI_IOSTREAM *fcb,
1184 : : const char *name,
1185 : : const char *comment,
1186 : : int bAtomsDT,
1187 : : const char *szLabel,
1188 : : const char *szValue,
1189 : : int nNumAliasLines,
1190 : : int nNumChargeLines,
1191 : : int nNumRadicalLines,
1192 : : int nNumIsoLines,
1193 : : INT_ARRAY *written_bond_ends )
1194 : : {
1195 : : char str_m[66], entry[25];
1196 : 0 : int i, num_m, k, j, ret = 0;
1197 : :
1198 [ # # ]: 0 : if (inp_at_data) /* djb-rwth: fixing a NULL pointer dereference */
1199 : : {
1200 : 0 : int num_atoms = inp_at_data->num_inp_atoms;
1201 [ # # # # : 0 : int is_polymer = inp_at_data && inp_at_data->polymer && inp_at_data->polymer->n > 0 && inp_at_data->valid_polymer;
# # # # ]
1202 : 0 : const inp_ATOM *at = inp_at_data->at;
1203 : :
1204 : : /* Aliases. 5-3-99 DCh.*/
1205 [ # # ]: 0 : if (nNumAliasLines)
1206 : : {
1207 : 0 : num_m = 0;
1208 [ # # ]: 0 : for (i = 0; i < num_atoms; i++)
1209 : : {
1210 [ # # ]: 0 : if (ALIASED_AT(i))
1211 : : {
1212 : : int len;
1213 : 0 : inchi_ios_print_nodisplay(fcb, "A %d\n", i + 1);
1214 : 0 : num_m++;
1215 : 0 : len = sprintf(str_m, "%s", at[i].elname);
1216 : : /* add isotopic H to the alias */
1217 [ # # ]: 0 : for (k = 0; k < NUM_H_ISOTOPES; k++)
1218 : : {
1219 [ # # ]: 0 : int num_H = at[i].num_iso_H[k] + (k ? 0 : at[i].num_H);
1220 [ # # ]: 0 : if (num_H)
1221 : : {
1222 [ # # # # : 0 : len += sprintf(str_m + len, "%s", k == 0 ? "H" : k == 1 ? "D" : k == 2 ? "T" : "?");
# # ]
1223 [ # # ]: 0 : if (num_H != 1)
1224 : : {
1225 : 0 : len += sprintf(str_m + len, "%d", num_H);
1226 : : }
1227 : : }
1228 : : }
1229 : :
1230 : : /* Add charge to the Alias */
1231 [ # # ]: 0 : if (at[i].charge)
1232 : : {
1233 [ # # ]: 0 : len += sprintf(str_m + len, "%s", at[i].charge > 0 ? "+" : "-");
1234 [ # # ]: 0 : if (1 < (j = abs(at[i].charge)))
1235 : : {
1236 : 0 : len += sprintf(str_m + len, "%d", j);
1237 : : }
1238 : : }
1239 : :
1240 : : /* Add radical to the Alias */
1241 [ # # ]: 0 : if (at[i].radical == RADICAL_SINGLET)
1242 : : {
1243 : 0 : len += sprintf(str_m + len, "%s", ":");
1244 : : }
1245 [ # # ]: 0 : else if (at[i].radical == RADICAL_DOUBLET)
1246 : : {
1247 : 0 : len += sprintf(str_m + len, "%s", "^");
1248 : : }
1249 [ # # ]: 0 : else if (at[i].radical == RADICAL_TRIPLET)
1250 : : {
1251 : 0 : len += sprintf(str_m + len, "%s", "^^");
1252 : : }
1253 : 0 : inchi_ios_print_nodisplay(fcb, "%s\n", str_m);
1254 : 0 : num_m++;
1255 : : }
1256 : : }
1257 : :
1258 [ # # ]: 0 : if (num_m != nNumAliasLines)
1259 : : {
1260 : : /* error in lines counting*/
1261 : 0 : ret++;
1262 : : }
1263 : : }
1264 : :
1265 : : /* charges*/
1266 : 0 : str_m[0] = 0;
1267 : 0 : num_m = 0;
1268 [ # # ]: 0 : if (nNumChargeLines)
1269 : : {
1270 [ # # ]: 0 : for (i = 0; i < num_atoms; i++)
1271 : : {
1272 [ # # # # ]: 0 : if (at[i].charge && !ALIASED_AT(i))
1273 : : {
1274 : 0 : sprintf(entry, " %3d %3d", i + 1, (int)at[i].charge);
1275 : 0 : strcat(str_m, entry);
1276 : 0 : num_m++;
1277 : : }
1278 [ # # # # : 0 : if ((i == num_atoms - 1 && num_m) || num_m == 8) /* djb-rwth: addressing LLVM warning */
# # ]
1279 : : {
1280 : 0 : inchi_ios_print_nodisplay(fcb, "M CHG%3d%s\n", num_m, str_m);
1281 : 0 : str_m[0] = 0;
1282 : 0 : num_m = 0;
1283 : : }
1284 : : }
1285 : : }
1286 : :
1287 : : /* radicals*/
1288 : 0 : str_m[0] = 0;
1289 : 0 : num_m = 0;
1290 : :
1291 [ # # ]: 0 : if (nNumRadicalLines)
1292 : : {
1293 [ # # ]: 0 : for (i = 0; i < num_atoms; i++)
1294 : : {
1295 [ # # # # ]: 0 : if (at[i].radical && !ALIASED_AT(i))
1296 : : {
1297 : 0 : int radical = (at[i].radical == RADICAL_SINGLET ||
1298 [ # # ]: 0 : at[i].radical == RADICAL_DOUBLET ||
1299 [ # # # # ]: 0 : at[i].radical == RADICAL_TRIPLET) ? at[i].radical : 0;
1300 [ # # ]: 0 : if (radical)
1301 : : {
1302 : 0 : sprintf(entry, " %3d %3d", i + 1, radical);
1303 : 0 : strcat(str_m, entry);
1304 : 0 : num_m++;
1305 : : }
1306 : : }
1307 [ # # # # : 0 : if ((i == num_atoms - 1 && num_m) || num_m == 8) /* djb-rwth: addressing LLVM warning */
# # ]
1308 : : {
1309 : 0 : inchi_ios_print_nodisplay(fcb, "M RAD%3d%s\n", num_m, str_m);
1310 : 0 : str_m[0] = 0;
1311 : 0 : num_m = 0;
1312 : : }
1313 : : }
1314 : : }
1315 : :
1316 : : /* isotopes*/
1317 : 0 : str_m[0] = 0;
1318 : 0 : num_m = 0;
1319 [ # # ]: 0 : if (nNumIsoLines)
1320 : : {
1321 : : int el_num, iso;
1322 [ # # ]: 0 : for (i = 0; i < num_atoms; i++)
1323 : : {
1324 : : /*
1325 : : if ( 0 == strcmp( at[i].elname, "D" ) ) {
1326 : : sprintf( entry, " %3d %3d", i+1, 2 );
1327 : : strcat( str_m, entry );
1328 : : num_m ++;
1329 : : } else
1330 : : if ( 0 == strcmp( at[i].elname, "T" ) ) {
1331 : : sprintf( entry, " %3d %3d", i+1, 3 );
1332 : : strcat( str_m, entry );
1333 : : num_m ++;
1334 : : } else
1335 : : if ( k = at[i].iso_atw_diff ) {
1336 : : int mw = get_atomic_mass_from_elnum( at[i].el_number );
1337 : : mw += (k > 0)? k-1 : k;
1338 : : sprintf( entry, " %3d %3d", i+1, mw );
1339 : : strcat( str_m, entry );
1340 : : num_m ++;
1341 : : }
1342 : : */
1343 : :
1344 [ # # # # : 0 : if (ANY_ISO(i, bAtomsDT) && !ALIASED_AT(i))
# # # # #
# # # # #
# # # # #
# # # # #
# # # # #
# # # #
# ]
1345 : : {
1346 [ # # # # : 0 : if (IS_DEUTERIUM(i))
# # ]
1347 : : {
1348 : 0 : iso = 1;
1349 : 0 : el_num = 1;
1350 : : }
1351 [ # # # # : 0 : else if (IS_TRITIUM(i))
# # ]
1352 : : {
1353 : 0 : iso = 2;
1354 : 0 : el_num = 1;
1355 : : }
1356 : : else
1357 : : {
1358 [ # # ]: 0 : iso = at[i].iso_atw_diff > 0 ? at[i].iso_atw_diff - 1 : at[i].iso_atw_diff;
1359 : 0 : el_num = at[i].el_number;
1360 : : }
1361 : 0 : iso += get_atomic_mass_from_elnum(el_num);
1362 : 0 : sprintf(entry, " %3d %3d", i + 1, iso);
1363 : 0 : strcat(str_m, entry);
1364 : 0 : num_m++;
1365 : : }
1366 : :
1367 [ # # # # : 0 : if ((i == num_atoms - 1 && num_m) || num_m == 8) /* djb-rwth: addressing LLVM warning */
# # ]
1368 : : {
1369 : 0 : inchi_ios_print_nodisplay(fcb, "M ISO%3d%s\n", num_m, str_m);
1370 : 0 : str_m[0] = 0;
1371 : 0 : num_m = 0;
1372 : : }
1373 : : }
1374 : : }
1375 : :
1376 [ # # ]: 0 : if (is_polymer)
1377 : : {
1378 : 0 : OrigAtData_WriteToSDfilePolymerData(inp_at_data, fcb, name, comment,
1379 : : szLabel, szValue, written_bond_ends);
1380 : : }
1381 : :
1382 : 0 : inchi_ios_print_nodisplay(fcb, "M END\n");
1383 : : }
1384 : 0 : return ret;
1385 : : }
1386 : :
1387 : : /****************************************************************************
1388 : : OrigAtData : Write To SDfile : Polymer Data
1389 : : ****************************************************************************/
1390 : 0 : int OrigAtData_WriteToSDfilePolymerData( const ORIG_ATOM_DATA *inp_at_data,
1391 : : INCHI_IOSTREAM *fcb,
1392 : : const char * name,
1393 : : const char *comment,
1394 : : const char *szLabel,
1395 : : const char *szValue,
1396 : : INT_ARRAY *written_bond_ends )
1397 : : {
1398 : 0 : int j, k, ju, jj, jprev, ret = 0;
1399 : 0 : const char *sty[] = {"NON", "SRU", "MON", "COP", "MOD", "CRO", "MER"};
1400 : 0 : const char *sst[] = {"NON", "ALT", "RAN", "BLO"};
1401 : 0 : const char *con[] = {"NON", "HT", "HH", "EU"};
1402 : 0 : OAD_PolymerUnit *u = NULL;
1403 : :
1404 : : /* STY */
1405 : 0 : jj = 0;
1406 : 0 : jprev = -1;
1407 [ # # ]: 0 : for (j = 0; j < inp_at_data->polymer->n; j++)
1408 : : {
1409 : 0 : u = inp_at_data->polymer->units[j];
1410 [ # # # # ]: 0 : if (u->type > 0 && u->type <= 6)
1411 : : {
1412 : 0 : jj++;
1413 : : }
1414 [ # # # # ]: 0 : if (jj == 8 || j == inp_at_data->polymer->n - 1)
1415 : : {
1416 [ # # ]: 0 : inchi_ios_print_nodisplay(fcb, "M STY%3d", jj % 8 ? jj % 8 : 8);
1417 [ # # ]: 0 : for (k = jprev + 1; k <= j; k++)
1418 : : {
1419 : 0 : u = inp_at_data->polymer->units[k];
1420 [ # # # # ]: 0 : if (u->type > 0 && u->type <= 6)
1421 : : {
1422 : 0 : inchi_ios_print_nodisplay(fcb, " %3d %3s", u->id, sty[u->type]);
1423 : : }
1424 : : }
1425 : 0 : inchi_ios_print_nodisplay(fcb, "\n");
1426 : 0 : jj = 0;
1427 : 0 : jprev = j;
1428 : : }
1429 : : }
1430 : : /* SLB */
1431 : : /* djb-rwth: removing redundant code */
1432 : 0 : jprev = -1;
1433 [ # # ]: 0 : for (j = 0; j < inp_at_data->polymer->n; j++)
1434 : : {
1435 : : /* djb-rwth: removing redundant code */
1436 [ # # # # ]: 0 : if (j == 8 || j == inp_at_data->polymer->n - 1)
1437 : : {
1438 : 0 : jj = j + 1;
1439 [ # # ]: 0 : inchi_ios_print_nodisplay(fcb, "M SLB%3d", jj % 8 ? jj % 8 : 8);
1440 [ # # ]: 0 : for (k = jprev + 1; k < jj; k++)
1441 : : {
1442 : 0 : u = inp_at_data->polymer->units[k];
1443 : 0 : inchi_ios_print_nodisplay(fcb, " %3d %3d", u->id, u->label);
1444 : : }
1445 : 0 : inchi_ios_print_nodisplay(fcb, "\n");
1446 : : /* djb-rwth: removing redundant code */
1447 : 0 : jprev = j;
1448 : : }
1449 : : }
1450 : :
1451 : : /* SST */
1452 : 0 : jj = 0;
1453 : : /* djb-rwth: removing redundant code */
1454 [ # # ]: 0 : for (j = 0; j < inp_at_data->polymer->n; j++)
1455 : : {
1456 : 0 : u = inp_at_data->polymer->units[j];
1457 [ # # # # : 0 : if (u->subtype == MOL_FMT_M_SST_ALT || u->subtype == MOL_FMT_M_SST_RAN || u->subtype == MOL_FMT_M_SST_BLK)
# # ]
1458 : : {
1459 : 0 : jj++;
1460 : : }
1461 : : }
1462 [ # # ]: 0 : if (jj)
1463 : : {
1464 : 0 : jj = 0;
1465 : 0 : jprev = -1;
1466 [ # # ]: 0 : for (j = 0; j < inp_at_data->polymer->n; j++)
1467 : : {
1468 : 0 : u = inp_at_data->polymer->units[j];
1469 [ # # # # : 0 : if (u->subtype == MOL_FMT_M_SST_ALT || u->subtype == MOL_FMT_M_SST_RAN || u->subtype == MOL_FMT_M_SST_BLK)
# # ]
1470 : : {
1471 : 0 : jj++;
1472 : : }
1473 [ # # # # ]: 0 : if (jj == 8 || j == inp_at_data->polymer->n - 1)
1474 : : {
1475 [ # # ]: 0 : inchi_ios_print_nodisplay(fcb, "M SST%3d", jj % 8 ? jj % 8 : 8);
1476 [ # # ]: 0 : for (k = jprev + 1; k <= j; k++)
1477 : : {
1478 : 0 : u = inp_at_data->polymer->units[k];
1479 [ # # # # : 0 : if (u->subtype == MOL_FMT_M_SST_ALT || u->subtype == MOL_FMT_M_SST_RAN || u->subtype == MOL_FMT_M_SST_BLK)
# # ]
1480 : : {
1481 : 0 : inchi_ios_print_nodisplay(fcb, " %3d %3s", u->id, sst[u->subtype]);
1482 : : }
1483 : : }
1484 : 0 : inchi_ios_print_nodisplay(fcb, "\n");
1485 : 0 : jj = 0;
1486 : 0 : jprev = j;
1487 : : }
1488 : : }
1489 : : }
1490 : :
1491 : : /* SCN */
1492 : 0 : jj = 0;
1493 : : /* djb-rwth: removing redundant code */
1494 [ # # ]: 0 : for (j = 0; j < inp_at_data->polymer->n; j++)
1495 : : {
1496 : 0 : u = inp_at_data->polymer->units[j];
1497 [ # # # # : 0 : if (u->conn == MOL_FMT_M_CONN_HT || u->conn == MOL_FMT_M_CONN_HH || u->conn == MOL_FMT_M_CONN_EU)
# # ]
1498 : : {
1499 : 0 : jj++;
1500 : : }
1501 : : }
1502 [ # # ]: 0 : if (jj)
1503 : : {
1504 : 0 : jj = 0;
1505 : 0 : jprev = -1;
1506 [ # # ]: 0 : for (j = 0; j < inp_at_data->polymer->n; j++)
1507 : : {
1508 : 0 : u = inp_at_data->polymer->units[j];
1509 [ # # # # : 0 : if (u->conn == MOL_FMT_M_CONN_HT || u->conn == MOL_FMT_M_CONN_HH || u->conn == MOL_FMT_M_CONN_EU)
# # ]
1510 : : {
1511 : 0 : jj++;
1512 : : }
1513 [ # # # # ]: 0 : if (jj == 8 || j == inp_at_data->polymer->n - 1)
1514 : : {
1515 [ # # ]: 0 : inchi_ios_print_nodisplay(fcb, "M SCN%3d", jj % 8 ? jj % 8 : 8);
1516 [ # # ]: 0 : for (k = jprev + 1; k <= j; k++)
1517 : : {
1518 : 0 : u = inp_at_data->polymer->units[k];
1519 [ # # # # : 0 : if (u->conn == MOL_FMT_M_CONN_HT || u->conn == MOL_FMT_M_CONN_HH || u->conn == MOL_FMT_M_CONN_EU)
# # ]
1520 : : {
1521 : 0 : inchi_ios_print_nodisplay(fcb, " %3d %3s", u->id, con[u->conn]);
1522 : : }
1523 : : }
1524 : 0 : inchi_ios_print_nodisplay(fcb, "\n");
1525 : 0 : jj = 0;
1526 : 0 : jprev = j;
1527 : : }
1528 : : }
1529 : : }
1530 : : /* SAL */
1531 [ # # ]: 0 : for (ju = 0; ju < inp_at_data->polymer->n; ju++)
1532 : : {
1533 : 0 : u = inp_at_data->polymer->units[ju];
1534 : 0 : jj = 0;
1535 : 0 : jprev = -1;
1536 [ # # ]: 0 : for (j = 0; j < u->na; j++)
1537 : : {
1538 : 0 : jj++;
1539 [ # # # # ]: 0 : if (jj == 15 || j == u->na - 1)
1540 : : {
1541 [ # # ]: 0 : inchi_ios_print_nodisplay(fcb, "M SAL %3d%3d", u->id, jj % 15 ? jj % 15 : 15);
1542 [ # # ]: 0 : for (k = jprev + 1; k <= j; k++)
1543 : : {
1544 : 0 : inchi_ios_print_nodisplay(fcb, " %3d", u->alist[k]);
1545 : : }
1546 : 0 : inchi_ios_print_nodisplay(fcb, "\n");
1547 : 0 : jj = 0;
1548 : 0 : jprev = j;
1549 : : }
1550 : : }
1551 : : }
1552 : : /* SBL */
1553 [ # # ]: 0 : for (ju = 0; ju < inp_at_data->polymer->n; ju++)
1554 : : {
1555 : 0 : u = inp_at_data->polymer->units[ju];
1556 : 0 : jj = 0;
1557 : 0 : jprev = -1;
1558 [ # # ]: 0 : for (j = 0; j < u->nb; j++)
1559 : : {
1560 : 0 : jj++;
1561 [ # # # # ]: 0 : if (jj == 15 || j == u->nb - 1)
1562 : : {
1563 [ # # ]: 0 : inchi_ios_print_nodisplay(fcb, "M SBL %3d%3d", u->id, jj % 15 ? jj % 15 : 15);
1564 : :
1565 [ # # ]: 0 : for (k = jprev + 1; k <= j; k++)
1566 : : {
1567 : 0 : int a1, a2, e1, e2, wb, bond_num = 0;
1568 : 0 : a1 = u->blist[2 * k];
1569 : 0 : a2 = u->blist[2 * k + 1];
1570 [ # # ]: 0 : for (wb = 0; wb < written_bond_ends->used / 2; wb++)
1571 : : {
1572 : 0 : e1 = written_bond_ends->item[2 * wb];
1573 : 0 : e2 = written_bond_ends->item[2 * wb + 1];
1574 [ # # # # : 0 : if ((a1 == e1 && a2 == e2) || (a2 == e1 && a1 == e2))
# # # # ]
1575 : : {
1576 : 0 : bond_num = wb + 1;
1577 : 0 : break;
1578 : : }
1579 : : }
1580 [ # # ]: 0 : if (bond_num)
1581 : : {
1582 : 0 : inchi_ios_print_nodisplay(fcb, " %3d", bond_num);
1583 : : }
1584 : : }
1585 : :
1586 : 0 : inchi_ios_print_nodisplay(fcb, "\n");
1587 : 0 : jj = 0;
1588 : 0 : jprev = j;
1589 : : }
1590 : : }
1591 : : }
1592 : :
1593 : : /* SDI */
1594 [ # # ]: 0 : for (j = 0; j < inp_at_data->polymer->n; j++)
1595 : : {
1596 : : /* better than nothing */
1597 : : float xmin, xmax, ymin, ymax;
1598 : 0 : xmin = ymin = -1.0 * ((float)j + 1.0); /* djb-rwth: cast operator added, 1->1.0 */
1599 : 0 : xmax = ymax = +1.0 * ((float)j + 1.0); /* djb-rwth: cast operator added, 1->1.0 */
1600 : 0 : u = inp_at_data->polymer->units[j];
1601 : : /* u->xbr1[0], x1, y1, x2, y2 u->xbr1[1], u->xbr1[2], u->xbr1[3] */
1602 : 0 : inchi_ios_print_nodisplay(fcb, "M SDI %3d%3d%10.4f%10.4f%10.4f%10.4f\n", u->id, 4, xmin, ymin, xmin, ymax);
1603 : : /* u->xbr2[0], u->xbr2[1], u->xbr2[2], u->xbr2[3] */
1604 : 0 : inchi_ios_print_nodisplay(fcb, "M SDI %3d%3d%10.4f%10.4f%10.4f%10.4f\n", u->id, 4, xmax, ymax, xmax, ymin);
1605 : : }
1606 : :
1607 : 0 : return ret;
1608 : : }
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